現在のスペシャルオリンピックス日本のはじまりは、JSOC解散後の1993年、熊本県の有志により、細川佳代子を理事長とするスペシャルオリンピックス・熊本が新たに設立され、その後1994年、スペシャルオリンピックス日本（SON）が国内本部として、SO国際本部の認証を受けて発足した。 SONは2001年に特定非営利活動法人（NPO法人）の認証を受け、2006年には認定特定非営利活動法人として認定を受けた。2012年4月1日より、公益財団法人スペシャルオリンピックス日本として活動している（現在の理事長は有森裕子）。
厚生労働省社会・援護局障害福祉部企画課自立支援振興室によると、2014年3月までは厚生労働省が所管官庁だったが、同年4月から文部科学省へ移管された。
