1849年から1851年の間は地中海で任務につき、この間にハンガリーの革命家コシュート・ラヨシュの亡命を手助けしている。その後、ペリーの日本訪問艦隊の旗艦となるべく、米国に戻った。この任務はもともとジョン・オーリックに与えられたものであったが、オーリックが中国で病を得たため、ペリーがその代わりを務めることになったものである。艦隊はハンプトン・ローズを1852年11月24日に出港、マデイラ、喜望峰、香港を経て、1853年5月4日に上海に到着した。ここでミシシッピは旗艦任務をより新しい蒸気外輪フリゲートであるサスケハナに譲っている。艦隊は5月17日に上海を出航し、5月26日に那覇に到着、琉球王国に開国を促す大統領親書を手渡した。6月9日に那覇を出航、6月14日から6月18日にかけて、小笠原諸島を探検した。6月23日に一度琉球へ帰還し、7月2日に日本へ出航した。1853年7月8日（嘉永六年六月三日）に浦賀沖に到着。ペリーは海軍および外交歴上最も困難かつ重要な任務の一つとされる日本開国任務を開始した。フィルモア大統領の親書を幕府に提出後、艦隊は7月17日（六月十二日）に江戸を離れ、香港へ帰った。1854年2月13日（嘉永七年一月十六日）、ミシシッピは旗艦サスケハナ、新たに加わった蒸気外輪フリゲートであるポーハタン、および3隻の帆走艦と共に、再度浦賀に到着した。3月31日（三月三日）、日米和親条約が締結され、さらに6月20日（五月二十五日）に和親条約の細則を定めた下田条約が締結された。艦隊は6月25日（六月一日）に日本を離れた。
