66年、ローマ帝国のユダヤ属州総督の迫害に対してユダヤ教過激派が反乱を起こしてユダヤ戦争が始まった。
70年のエルサレム攻囲戦に際し、ローマ軍司令官（後皇帝）ティトゥスはユダヤ・キリスト両教徒を絶やすためにエルサレム神殿を破壊し、反乱を鎮圧した。ヨセフスもローマ軍に投降し、熱心党とサドカイ派とエッセネ派のクムラン教団はこの戦争で消滅し、パリサイ派だけが残った。
ユダヤ戦争後、ユダヤ教は存在を許されたが、エルサレムの神殿体制は崩壊し、ファリサイ派はヤブネの土地を拠点とした。10万近いユダヤ人捕虜は、全ローマ帝国に銀貨一枚で奴隷として売られた。ユダヤ戦争の際にキリスト教徒は反乱に加わらなかったため、ユダヤ教徒はキリスト教徒を敵視するようになった。
